Özellikle Mezopotamya’da açık izleri belirlenen Nuh Tufanı olayını araştırmak için yapılmış birçok kazı vardır. Bölgede yapılan kazılarda başlıca dört şehirde, büyük bir tufan sonucu gerçekleşmiş olabilecek sel felaketinin izlerine rastlanmıştır.

Bu şehirler Mezopotamya’nın önemli şehirleri olan Ur, Uruk, Kiş ve Şuruppak’tır. Bu şehirlerde yapılan kazılar, bunların tümünün büyük bir sele maruz kaldıklarını, daha sonra zamanla tekrar yeni medeniyetlerin oluştuğu ve eski medeniyet kalıntılarının M.Ö. 7000’li yıllara kadar uzandığını göstermektedir.

Tufanın izlerini taşıyan Ur, Uruk, Şuruppak ve Kiş şehirleri dizilimini incelediğimiz zaman bunların bir hat üzerinde yer aldığını görmekteyiz. Öyleyse tufan, bu dört şehri ve çevresini etkilemiş olmalıdır. Ayrıca M.Ö. 3000’li yıllarda Mezopotamya Ovası’nın coğrafi yapısının günümüzden farklı olduğunu belirtmek gerekir.

O devirde Fırat Nehri’nin yatağı, bugünküne göre daha doğuda bulunmaktaydı. Ur’un kalıntıları bugünkü Irak’ın Nasırıye şehrine 16 km mesafede, Fırat’ın Basra Körfezi’ne akış istikametine göre sağdadır. Bu akış rotası da Ur, Uruk, Şurppak ve Kiş’ten geçen bir hata denk geliyordu.

“Kur’an-ı Kerim‘de belirtilen yeryüzü ve gökyüzü pınarlarının açılmasıyla” ifadesinden anlaşıldığına göre, Fırat Nehri taşmış ve yukarıda belirtilen bu dört şehri yerle bir ederek yayılmıştır.

Arkeologlar ve jeologlar, Mezopotamya’nın güneyinde tufan sonrası dönemde görülen insan yerleşmeleri henüz bir köy büyüklüğünde iken Ur’un mevcut olduğunu, fakat daha sonra terk edildiğini belirleyen kanıtlara ulaşmışlardır.

Günümüzden yaklaşık 5 bin yıl kadar önce iklimin değişmesi ve bölgede kuraklığın hâkim olmasıyla birlikte, çiftçilikle uğraşan buradaki küçük köylerin, kuraklığa karşı büyük ölçekli, merkezi bir sulama sistemi geliştirdiğini, Ur Şehri’nin ise günümüzden yaklaşık 4600 yıl önce büyüyüp gelişmeye başladığını tahmin etmektedirler.

Konumu itibariyle Ur’un bilhassa Arap Yarımadası’ndaki şehirlerle deniz ve kara ticareti kurması kolay olmuştu. Yine yapılan bir araştırmaya göre o zaman şehrin nüfusu (günümüzden 4030 ile 3980 yıl öncesinde) yaklaşık 65 bin civarında olup mevcut bilgilere göre burası o günlerde dünyanın en büyük şehriydi.

Bulunan arkeolojik ve jeolojik yazılı kaynaklara göre, iklim değişikliğine ve nehirlerin yataklarının uğradıkları değişiklikler sonucu maddi refahın ortadan kalkması sonucunda Ur Şehri harabeye dönmüş ve zaman içinde toprak altında kalmıştır.